「時をかける学校の図書館」
町の静かな一角に、「時をかける学校の図書館」と呼ばれる場所がひっそりと佇んでいる。そこはごく限られた者だけが知る秘密の図書館であり、その書架に並ぶ本は過去と未来を旅する鍵を秘めている。時間の流れさえも、ここでは異なるのだ。
読書嫌いの高校2年生、佐藤凛は偶然にもこの不思議な図書館へ迷い込む。そこで彼は、彼に「書の世界の旅人」になるという稀有な才能があると告げる謎めいた少女、時空と出会う。戸惑いながらも、凛は本の物語の中に入り込み、その世界を生きることができることを知る。
時空の導きで、凛はさまざまな時代を巡る。悲劇に満ちた戦時中の日本、ディストピアの未来の学校、そして自身の家族に隠された歴史。クラスメイトの谷本桃子もその冒険に巻き込まれていく。旅を重ねるごとに、凛は忘れがたい人々と出会い、人間の本質に迫る深い真実に直面する。
しかし、闇もまた彼らを追う。冷徹で計算高い黒崎真也が率いる組織は、図書館を支配し歴史を書き換えようと画策していた。なぜ凛が選ばれたのか？時空の正体とは？黒崎の隠された目的とは何か？
かつて本を嫌っていた少年は、読書が心と魂を理解する扉を開くことを知る。時を