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20XX年、突如として世界中に現れた、人間の脳を喰らい乗っ取る未確認生物。人々はそれを「パラサイト」と呼び、恐怖に震えていた。その正体は、異星の知性が生み出した群体生物――有機組織を自在に変形させる生体兵器だった。 群体の一個体「シオン」は、定められた通り人間社会への潜入を開始する。鋼の刃にも、ゴムのようにしなる鞭にも変じるその身体は、あらゆる哺乳類を瞬時に屠ることができる。シオンは同胞と共に、大指令――「喰らい、増殖し、この星を整えよ」を遂行するはずだった。だが、群体の中で「自我」に目覚める同胞が次々と現れ、人間との共存を選び始める。 群体の大意識にとって、それは「欠陥」であり「ウイルス」だ。感染した同胞は排除しなければならない――シオンは、その処分を命じられる。しかし、自我に目覚めた同胞の一人である少女「サキ」と出会った時、シオンの中に説明できない不協和音が生まれる。細胞が震えるようなその感覚は、ありえないことを彼に教える――疑いだ。 大指令を果たすため、自我に目覚めた同胞を次々と狩り始めるシオン。刃を振るうたび、彼女の言葉が脳裏に響く。「私たちは、本当にただの道具なのか?」
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