宝探しのカナメは、アマゾンの奥地で異常な金属製の遺物を発見する。その表面に刻まれた記号は、既知の古代文明のものとは異なり、五年前に北アフリカで目にした「帝国の印」と一致していた。 その夜、帝国の秘密機関「グレイ局」の調査官リアオが彼の前に現れる。彼女は強制するのではなく説得する。遺物は古代兵器の起動キーである可能性が高く、帝国はその存在を三千年もの間隠し続けてきたのだ。今、世界中の人々がその秘密を暴こうと動き出している。 当初は軽く受け流していたカナメだったが、リアオの問いかけに心を揺さぶられる。「もし本当にこの遺跡を愛しているなら、そこが兵器の爆発地点になるのを黙って見ていられるか？」 ためらいながらも、カナメは考古学者イアンと謎の少女ソラと共に、世界の遺跡を巡り兵器の所在を探す旅に出る。しかし、彼らが訪れる遺跡ごとに、政府転覆を狙う旧帝国派の傭兵たちや、カナメが完全には信じられない装置――つまり帝国自身が立ちはだかる。 カナメは次第に、追い求めているのは単なる古代兵器ではなく、帝国が三千年もの間埋もれさせてきた「失敗の歴史」そのものであることに気づく。そしてリアオの接近には