かつて、英雄たちはイルミナイトの戦場を翔け抜けた。今、戦争の熱狂は終わり、重苦しい静寂が学園に戻ってきた。カザマ レイはただ独り立ち尽くし、胸に刻まれた戦友たちの顔を抱えながら、幼なじみのユキ・シラヌイは彼の沈黙を破れずに見守っていた。ある日、レイのスマートフォンに、死んだはずの男からの暗号化メッセージが届く。それは、最終決戦で命を落としたと思われていた元リーダー、タクミ・シノノメからの生存の兆しだった。「俺はまだ、あの場所にいる」。その言葉に心を乱されたレイとユキは、封鎖された危険区域「デッドエンド・セクター」へと足を踏み入れる。そこは、時が止まり、戦争の傷跡が生々しく残る廃墟だった。捜索の末、彼らが見つけたのは、記憶を欠落させ、捕食者の本能に蝕まれた、かつての面影を失ったタクミの姿だった。レイは旧友を救いたいと願うが、ユキはその危険性に激しく反対する。この意見の相違が、二人の間に深い溝を刻んでいく。そんな中、生徒会長セイラ・カミシロが独自の情報網で事態を察知する。彼女はタクミの完全排除を主張し、さらに、レイに対する彼女自身の妄執じみた恋愛感情が表面化し始める。レイは彼を救いたい、ユ