バトルシティ決勝戦。武藤遊戯はマリクとのデュエルの最中、すべてを変える選択を迫られる。 原作では、遊戯はアテムを守るために戦った。しかし、もしその瞬間、遊戯がアテムを『封印』する道を選んでいたら? 「もうお前には戦わせない。」 遊戯はアテムを心の奥深くに封じ込み、マリクの闇と一人で向き合う。苛烈なデュエルは続き、ラーの翼神竜は遊戯を焼き尽くそうと襲いかかる。しかし、遊戯は逃げない。 そして、なぜか――遊戯は勝利する。 だが、その勝利は大きな代償を伴った。封印がひび割れ、アテムの意識は断片となって遊戯の心に散らばってしまう。アテムは話せず、感じることもできない。まるで、ほとんど消えかけているかのようだ。 遊戯には友人たちがいる――城乃内蒼人、トリスタン、テイア――みんな彼を心配している。しかし遊戯はただ微笑み、「大丈夫だ」と言う。恐怖でいっぱいなのに。 そんな時、謎のデュエリスト、ゼファーレンが現れる。古代エジプトの象形文字で覆われた黒いデッキを携え、「王の断片を集めている」と告げ、遊戯を狙う。 敵か味方か?見分けはつかない。 だが最も恐ろしいのは、ゼファーレンのデッキ